مدتی از بازگشت به مشهد نمی گذشت. بانو خدیجه که در اندیشه ازدواج پسر دومش بود، دست به کار شد و دختری را که در خانواده ای سنتی و با علائق مذهبی پرورش یافته بود، به او پیشنهاد کرد. همو پا پیش گذاشت و مقدمات خواستگاری را فراهم نمود. همان راهی را که چهار پنج سال پیش برای سید محمد رفته بود، این بار برای سید علی پیمود.
 
حاج محمد اسماعیل خجسته باقرزاده، پدر عروس، از کاسبان دین دار و باسواد مشهد بود. او پذیرفت که دخترش به عقد طلبه تازه از قم برگشته ای درآید که تصمیم دارد در مشهد ساکن شود، آیت الله میلانی و دیگر بزرگان اهل علم مشهد او را می شناسند و تایید می کنند و به او علاقه دارند.
 
هزینه ازدواج، آن بخشی که طبق توافق به عهده داماد بود، توسط آیت الله حاج سید جواد خامنه ای تامین شد که مبلغ قابل توجهی نبود. مخارج عقد را گذاشتند به عهده خانواده عروس که حتما قابل توجه بود. “آن ها مرفه بودند، می توانستند و کردند” اویل پاییز ۱۳۴۳ سید علی خامنه ای و خانم خجسته پیوند زناشویی بستند. خطبه عقد توسط آیت الله میلانی خوانده شد. 
 
از این زمان، همدم، همسر و همراهی تازه، که هفده بهار بیش نداشت، پا به دنیای آقای خامنه ای گذاشت که در همه فرودهای سرد و سخت زندگی سیاسی و شاید تک فرازهای آن در آن روزگار، یاری غم خوار و دوستی مهربان بود. کارت دعوت را سفارش دادند و روز جشن را که در خانه پدرعروس در پایین خیابان برگزار می شد، تعیین کردند. آن شب آقای خامنه ای در آستانه ورودی ایستاده بود و از میهمانان استقبال می کرد. مراسم، آن طور که مرسوم خانواده های مذهبی و مقید آن زمان بود، برگزار شد.
 
پس از عقد و پیش از هم خانه شدن، نوعروس خانواده خامنه ای باخبر شد که شوی ۲۵ ساله اش پا در میدان مبارزه دارد. “شاید اولین روزها و … یا هفته های پیوند [مان]… بود، مسائل سیاسی من به وسیله خودم برای ایشان مطرح شد… شاید قبلا هم می دانستند که من توی این مسائل سیاسی هستم، لکن مرا به [چشم] طلبه ای … که مورد توجه و علاقه… بزرگان و اساتید… هستم… نگاه می کردند.”

منبع: گتاب شرح اسم (زندگی مقام معظم رهبری)