با اوجگیری انقلاب اسلامی شهید چمران با نظر امام به وطن بازگشت و ابتدا به آموزش نخستین گروه از سپاه پاسداران پرداخت. در همان زمان به معاونت نخست وزیر منصوب شد. دکتر چمران پس از بروز غائله پاوه عازم منطقه شد و حماسه ساز کردستان شد. پس از این حماسه از سوی امام (ره) به وزارت دفاع منصوب شد و سپس به نمایندگی امام در شورای عالی دفاع در کنار حضرت آیتالله خامنهای نصب گردید. در انتخاب دوره اول مجلس به عنوان نماینده تهران انتخاب شد اما با شروع جنگ تحمیلی با اجازه امام عازم جبهههای جنگ شد و ستاد جنگهای نامنظم را تشکیل داد و اقدامات بسیار مهمی در آن زمان که رکود بر جبههها حاکم بود انجام داد. در جنگ سوسنگرد مجروح شد اما از پای ننشست و دوباره به جبههها بازگشت و حماسههای بسیاری آفرید .
سرانجام در 31 خرداد 1360 در مشهد دهلاویه به آرزوی دیرینش یعنی شهادت و لقاءا… رسید. زندگینامه شهید دکتر مصطفی چمران: ولادت: 1311 تهران تحصیلات: دکترای الکترونیک و فیزیک پلاسما برخى از فعالیتهاى شاخص: قبل از پیروزى انقلاب اسلامى: شرکت درفعالیتهای مسجد هدایت عضویت درانجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران شرکت درمبارزات سیاسی دوران دکترمصدق از مجلس چهاردهم تا ملی شدن صنعت نفت.
پیوستن به نهضت مقاومت ملی پس از مرگ دکترمصدق مبارزه با رژیم شاه درسخت ترین شرایط. تاسیس انجمن اسلامی دانشجویان درآمریکا گذراندن دوره های پارتیزانی وچریکی درمصر درزمان عبدالناصر تعلیم چریک های مبارز ایرانی اعتراض به جمال عبدالناصر درخصوص ناسیونالیسم عربی وملی گرائی افراطی. هجرت به لبنان وتاسیس سازمان امل به کمک امام موسی صدر مبارزه با فالانژیستها درلبنان پس از پیروزى انقلاب اسلامى: بازگشت به وطن پس از 21 سال هجرت تربیت اولین گروههای پاسداران انقلاب درسعداباد. معاون نخست وزیر درامورانقلاب پیگیری مبارزات با ضد انقلاب درکردستان وآزاد سازی شهرپاوه وسپس کردستان منصوب شدن به وزارت دفاع توسط امام خمینی نمایندگی مجلس شورای اسلامی دراولین دور انتخاب مجلس نماینده امام خمینی درشورای عالی دفاع تشکیل ستاد جنگهای نامنظم دراهواز تشکیل واحد مهندسی فعال برای ستاد جنگهای نامنظم زخمی شدن درحمله مزدوران عراقی به سوسنگرد. حضور درهمه جبهه های نبرد وارائه رهنمود. فرماندهی فتح تپه های الله اکبر فتح دهلاویه شهادت: 31 خرداد سال 1360 – دهلاویه شهید دکتر چمران کمی قبل از شهادت درحالیکه شهادت یکی از فرماندهانش را به سایر رزمندگان تبریک وتسلیت می گفت چنین گفت : خدا رستمی را دوست داشت و برد اگر ما را هم دوست داشته باشد، می برد.
.. متن پیام حضرت امام خمینی به مناسبت شهادت دکتر مصطفی چمران
بِسْمِ الله الرََّّحْمنِ الرََّّحیمِ انالله وانّاالیه راجعون شهادت انسانساز سردار پرافتخار اسلام، و مجاهد بیدار و متعهد راه تعالی و پیوستن به «ملاء اعلی»، دکتر مصطفی چمران را به پیشگاه ولیعصر ارواحنا فداه تسلیت و تبریک عرض میکنم. تسلیت از آنرو، که ملت شهیدپرور ما سربازی را از دست داد، که در جبهههای نبرد با باطل، چه در لبنان و چه در ایران، حماسه میآفرید و سرلوحه مرام او اسلام عزیز و پبروزی حق بر باطل بود. او جنگجویی پرهیزگار و معلمی متعهد بود، که کشور اسلامی ما به او و امثال او احتیاج مبرم داشت و تبریک از آنرو که اسلام بزرگ چنین فرزندانی تقدیم ملتها و توده های مستضعف میکند و سردارانی همچون او در دامن تربیت خود پرورش میدهد. مگر چنین نیست که زندگی عقیده و جهاد در راه آن است؟ چمران عزیز با عقیده پاک خالص غیروابسته به دستجات و گروههای سیاسی، و عقیده به هدف بزرگ الهی، جهاد را در راه آن از آغاز زندگی شروع و به آن ختم کرد. او در حیات، با نور معرفت و پیوستگی به خدا قدم نهاد و در راه آن به جهاد برخاست و جان خود را نثار کرد. او با سرافرازی زیست، و با سرافرازی شهید شد و به حق رسید. هنر آن است که بیهیاهوهای سیاسی، و «خودنمایی»های شیطانی، برای خدا به جهاد برخیزد و خود را فدای هدف کند نه هوی، و این هنر مردان خداست. او در پیشگاه خدای بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و یادش بخیر. و اما ما میتوانیم چنین هنری داشته باشیم، با خداست که دستمان را بگیرد و از ظلمات جهالت و نفسانیت برهاند. من این ضایعه را به ملت شریف ایران و لبنان، بلکه به ملتهای مسلمان و قوای مسلح و رزمندگان در راه حق، و به خاندان و برادر محترم این مجاهد عزیز، تسلیت عرض میکنم. و از خداوند تعالی رحمت برای او، و صبر و اجر برای بازماندگان محترمش خواهانم.
اول تیرماه شصت روح الله الموسوی الخمینی
منبع:مرکز اسناد انقلاب اسلامی
صفحات: 1· 2